Asal mula MADRASAH ALIYAH NEGERI LUWU TIMUR adalah Madrasah Persiapan Negeri yang didirikan oleh masyarakat Malili pada tahun 2004 yang diperkasai oleh Tokoh Masyarakat yaitu H. Mustamin Sitra, Beliau adalah Pensiunan TNI AD, yang sangat gigih melihat keadaan masyarakat Malili 99% Umat Muslim. Yang waktu itu belum ada madrasah/sekolah agama Tingkat Atas (MA). Maka Beliau (H. Mustamin Sitra) bersama tokoh-tokoh masyarakat yang lain mendirikan Madrasah Aliyah Persiapan Negeri yang lokasinya bersama dengan Madrasah Tsanawiyah DDI As-sadiyah Malili, juga Beliau (H. Mustamin Sitra) sekaligus menjadi Kepala Madrasah dengan Nurlinda, S.Pd.I. sebagai wakil kepala Madrasah, Sedangkan yang menjadi Pendidik dan tenaga kependidikan serta sumber dana adalah dari Madrasah Tsanawiyah As-Sadiyah Malili yang ditempatinya proses belajar mengajar.
Untuk proses lebih cepat penegeriannya maka pada tahun 2007 Madrasah Persiapan Negeri ini di pindahkan ke lokasi yang baru, yaitu di Jalan DR Sam Ratulangi BTN WIJA VIRGO PUNCAK INDAH MALILI, Dan Sebagai Kepala Madrasah adalah Nurlinda, S. Pd. I. Sedangkan sarana yang di miliki pada waktu itu hanya 3 (tiga) Ruang Kelas Belajar yang di bangun dari dana Hibah Pemerintah Daerah Luwu Timur dengan luas lokasi 20.000 m2 (dua puluh ribu meter persegi) yang di hibahkan oleh An. YAN HERMANSYAH ANWAR dan saudara-saudaranya.
Kurang lebih dua tahun kemudian perjuangan untuk menjadi Madrasah Aliyah Negeri terwujud dengan keluarnya SK No, DT.1.1/PP.03.2/197/2009 tanggal 16 Maret 2009, dengan nama MADRASAH ALIYAH NEGERI MALILI (MAN) MALILI.